一、确定疾病的诊断
随着临床检验技术和影像医学的发展，有不少疾病在经过临床有关检查后就能做出临床诊断。然而，除功能、代谢紊乱为主的疾病外，就大多数有明确器质性病变的疾病而言，无论目前的临床检查技术多么进步，病理诊断仍然是无法取代的、最可靠和最后的诊断。如对任何可触及的肿块或经影像学检查出的占位性病变，还是对内窥镜中见到的各种病变，都需经病理活检才能确诊，即对病变的性质、种类及程度等做出正确的判定。例如一位40多岁的妇女子宫颈肥大伴有糜烂，是慢性炎症还是癌？无论是临床医生物理检查，还是做超声诊断、CT或MRI(核磁共振成像)，都无法确诊是不是癌，如果是癌，是鳞癌还是腺癌？是原位癌还是早期浸润癌？唯有进行病理学检查，如做宫颈病理活检，则既能明确是否是癌、是哪种癌，又能判定是原位癌还是原位癌累及腺体，还是早期浸润癌，而且对后者可判明浸润深度和广度。

二、为临床选择治疗方案提供依据
对患者疾病进行诊断的直接目的就是为了治疗，所以治疗的正确与否关键在于诊断是否正确。前已述及病理诊断是最可靠的诊断，所以正确的病理诊断，对临床采取有效、合理的治疗就显得尤为重要，特别是对恶性肿瘤等重大疾病的治疗，更是关键。例如上述的宫颈癌，如病理诊断为原位癌或累及腺体，临床只做宫颈锥形切除术治疗，治愈率近100%，且可不影响生育；如癌已浸润深度>5mm、宽度>7mm，则不属早期癌，应当全切子宫甚至扩大切除其它组织器官。

三、提供疾病的严重程度和预后的信息
病理诊断对许多疾病，特别是恶性肿瘤，能提供许多形态学参考(如肿瘤的组织学类型、浸润的程度、有无转移等)，均能作为判定疾病程度和预后的指标，例如，同样是浸润性乳腺癌尚无转移，普通类型的导管癌10年存活率为30%，而特殊类型的粘液腺癌则为70%以上；一般浸润程度轻或无转移的癌比浸润广泛或有转移的癌预后要好。

四、帮助临床判定病情取向及疗效
同一患者通过两次以上的病理活检可对疾病发展的取向和治疗效果做出更确切的判断，如对白血病患者进行骨髓移植，在移植前、后要做骨髓活检，才能确切地判断白血病细胞是否被杀灭、移植的骨髓细胞是否存活以及免疫排斥反应的情况等。

五、其它
为科学研究积累宝贵的资料；为提高临床诊断水平服务以及为发现新病种、新类型做贡献等等。